Hoje, não importa se você usa partições primárias ou estendidas.
Houve momentos em que o / boot precisou ser uma partição primária, mas isso não é mais verdade. Também encarnações anteriores do MS Windows requeriam que você instalasse o Windows em uma partição primária.
Quando eu configuro um novo disco, eu faço a primeira partição primária e coloco / inicializo lá e coloco o restante como partições lógicas em uma grande extensão, mas isso é apenas uma preferência pessoal.