Primeiro, estou usando o Ubuntu 12.04, também com os mais novos drivers da nvidia.
Eu tive o mesmo problema, mas criei uma solução adequada para mim. De várias outras postagens, executei estas etapas para executar minha configuração de monitor duplo (isso pode não ser a solução mais inteligente ou melhor, mas funcionou para mim):
Eu abri um terminal, entrei
gksu nautilus
e movido para "/etc/X11/xorg.conf" para excluir o arquivo de configuração.
Fechei o terminal, reabri o outro e usei
sudo nvidia-settings
para salvar corretamente os arquivos a seguir.
Agora, a única maneira que encontrei de habilitar os dois monitores foi selecionar o TwinView e organizar os monitores como eu queria. A tela X separada não funcionou.
Eu cliquei em "Salvar no arquivo de configuração X" e digitei
/etc/X11/xorg.conf
porque o caminho estava faltando (se você excluiu o arquivo em outro lugar, digite esse caminho).
Reinicie o computador. Quando fiz isso, agora só exibe alguma mensagem de erro, mas pelo menos minhas telas são utilizáveis. O que eu não gosto é ter a "barra de início" ou o que é chamado em ambas as telas, eu não encontrei uma solução para desativá-lo na minha tela secundária. Mas eu posso viver com isso eu acho ...
Espero que tenha ajudado você.