Como você sugere, o rastreamento de conexão obviamente registra sua "sessão" de ICMP e, portanto, considera que os pacotes estão no estado ESTABLISHED depois que uma viagem de ida e volta de pingue-pongue foi executada.
Para atingir seu objetivo de limitar as solicitações ICMP, mova a regra "descartar todos os outros ICMP" (terceira regra na captura de tela) logo abaixo da regra que aceita solicitações de eco com limitação de taxa. Desta forma, a regra ESTABLISHED não será considerada para pacotes ICMP.
No entanto, como os pacotes ICMP também são usados para comunicar vários problemas, recomendo que você adicione uma regra aceitando todos os pacotes icmp com um tipo outro que "echo-request" para ter certeza de que não obter problemas, por exemplo, com conexões TCP (como exemplo, "Conexão recusada" é comunicada usando ICMP). A regra que eu sugiro é:
iptables -A INPUT -p icmp ! --icmp-type echo-request -j ACCEPT
e coloque-o logo abaixo da regra de limitação de taxa que aceita solicitações de ECHO e logo acima da regra "descartar todos os outros ICMP".