Estou usando o Ubuntu há algum tempo, mas desde 11h10 notei um comportamento estranho. E mesmo com Lubuntu, Xubuntu e Kubuntu eu tenho o mesmo problema.
Problema: Depois que eu entrei na minha conta e usei o sistema enquanto não consigo usar o sistema com o mouse. Eu posso navegar pelas janelas abertas usando o teclado e até mesmo fechá-las, começar de novo, etc.
Eu posso mover o mouse sobre toda a área de trabalho, mas não posso clicar em nada, mesmo na janela que parece estar focado um clique com o mouse não tem efeito sobre um botão.Às vezes eu consigo desenhar alguns quadrados com o mouse a área de trabalho, mas nada mais.
O problema ocorre mesmo quando estou usando um live cd / usb stick. Ao usar uma instalação do -buntu em um PC virtual, não há problemas. Portanto, esse problema só existe quando é instalado como um sistema operacional "real".
Em uma instalação mais antiga do Ubuntu eu resolvi clicando com o botão direito do mouse na janela que parece estar focada e depois o mouse foi "liberado" mas desta vez isso não funciona.
Meu sistema:
Isso não parece ser o problema, mas toda a solução de problemas deve começar com o básico. Eu acho que isso só se aplica se você estiver usando um touchpad, mas o Ubuntu tem um recurso que deve desativar o mouse enquanto você digita. Causou alguns problemas para mim no passado. Veja mais informações sobre isso.
Para mim, desmarcar essa caixa resolveu meus problemas. Se esse não for o seu caso, atualize sua pergunta com mais informações sobre sua instalação e o mouse que você está usando.