Não é possível instalar xdotool porque você não é root não significa que não pode executar o programa, pois você não precisa de privilégios especiais.
Basta fazer o download e compilar da origem .
Se você não tiver acesso a um compilador, poderá fazer o download do pacote diretamente para o sistema e extrair o arquivo do pacote (para .deb , use ar , a extração de .rpm pode ser feita com rpm2cpio )