O que está acontecendo aqui é que quando você usa a opção -R para cp e fornece um diretório como um argumento, ele copia tudo nesse diretório. Além disso, isso não preservará a estrutura de diretórios, pois todos os arquivos em diretórios inferiores serão copiados diretamente para /tmp/2 . Isso pode ser o que você quer (veja a resposta de X Tian para saber como fazê-lo dessa maneira), mas cuidado se houver os arquivos têm o mesmo nome, um sobrescreve o outro na detenção.
Para preservar a estrutura de diretórios, você pode usar cpio :
find . -mtime -60 -print0 | cpio -0mdp /tmp/2
Se a opção -0 (ou equivalente) estiver indisponível, você pode fazer isso, mas tenha cuidado, nenhum dos seus nomes de arquivo contém uma nova linha:
find . -mtime -2 | cpio -mdp /tmp/2
cpio também deve suportar a opção -L , embora tenha cuidado com isso, pois, em alguns casos, pode causar um loop infinito.