Os pacotes do Wicd não entram em conflito com o Network Manager. Você pode ter ambos instalados ao mesmo tempo; isso foi solicitado por alguém que queria usar um para sua VPN e o outro para seu Wifi. Apenas não os use na mesma interface, pois eles pisariam nos dedos uns dos outros.
Os pacotes conflitaram no desenvolto e cármico (acho que posso ter entendido errado as versões). Mesmo assim, você poderia ter mudado sem perder sua configuração. Existem duas maneiras de desinstalar um pacote: você pode removê-lo ou eliminá-lo . A remoção desinstala o pacote, mas deixa os arquivos de configuração no lugar; a remoção também remove os arquivos de configuração em /etc , mesmo se você os modificou. Quando um pacote é desinstalado automaticamente devido a um conflito, ele é removido e não removido.