/proc e (geralmente) muito de /dev são somente "sistemas de arquivos" gerados pelo kernel. Você não os exclui, você apenas umount do sistema de arquivos. Se rm -r /proc/6352 funcionasse, teria que ser semanticamente equivalente a kill -9 6352 , já que na verdade é apenas apresentar informações sobre pid 6352, não arquivos reais em qualquer lugar.
Use mount para ver quais sistemas de arquivos montados estão sob chroot e umount antes de remover qualquer arquivo. Isso talvez seja ainda mais importante quando é uma bind mount, pois rm -r removeria os arquivos originais fora da cadeia.