Os sistemas de arquivos Linux mais populares são ext2 / 3/4, xfs, reiserfs e os próximos btrfs. Nenhum desses sistemas de arquivos precisa ser desfragmentado rotineiramente. Outros cuidados podem ser tomados, mas isso não faz parte da manutenção regular. A fragmentação constante é um problema peculiar aos sistemas de arquivos do Windows.
Do meu conhecimento do zfs também não, mas meu conhecimento do ufs é limitado.