Eu não acho que você encontraria uma resposta padrão geral para essa pergunta. A verdade é só você sabe a resposta para isso.
Alguns pontos aleatórios a serem considerados:
Evite distribuições exóticas
Existem distribuições sólidas por aí ( debian , centos , opensuse , ubuntu , fedora , ...) para escolher. Não é necessário considerar o seu próprio LFS ou algo como Gobolinux . As distribuições tradicionais não são apenas mais testadas em campo, mas também são mais fáceis de obter ajuda.
O que está no seu servidor?
Pode ser mais fácil obter a mesma distro (ou um parente próximo debian-ubuntu, centos-fedora, ...) em suas estações de trabalho. Você consegue imaginar uma incompatibilidade entre o env e o servidor de produção do desenvolvedor?
Pergunte aos seus desenvolvedores
Não é necessário impor uma distro que seja "melhor" se nenhum dos seus programadores souber como usá-la. Pedir uma opinião, seria muito mais preciso.
Considere o suporte pago
Às vezes, até mesmo o guru de linux mais habilidoso não tem tempo para suportar dezenas de estações de trabalho. A Canonical, a Red Hat e tantas outras oferecem suporte pago. Mesmo que pareça caro, delegar suporte a terceiros permitirá que você se concentre em seu core business, o que você faz melhor.
Evite lançamentos contínuos
Esta é uma pequena variação do primeiro ponto. Não há nada pior do que suportar um produto sem versão. Arch Linux, Sabayon, Gentoo são ótimas distribuições, mas como não possuem versões adequadas, é muito fácil se perder. Lembre-se, se você está fazendo essa pergunta aqui, provavelmente está procurando unificar o ambiente de trabalho de seus desenvolvedores. Versões são obrigatórias.
Leia os detalhes
Sua empresa provavelmente depende de alguns pacotes específicos (como PHP, MySQL, git, memcached, ...). Navegue pela documentação da distro existente procurando por problemas comuns / conhecidos antes de adotá-la.
Isso é tudo que posso pensar, por enquanto. Eu sei que eles são mais perguntas do que respostas reais, mas mesmo assim espero que ajude.