Como diz a página que você se refere,
Upstart allows you to set environment variables which will be accessible to the jobs whose job configuration files they are defined in.
O indica que as variáveis são definidas no ambiente usado pelos daemons do sistema na inicialização. O ambiente usuário é configurado separadamente uma vez que você efetua login.
Se você quiser verificar se o daemon sabe sobre a variável que você definiu, você pode testar isso temporariamente modificando seu script de inicialização e adicionando algo como logger "=============== The variable FOO is set to $FOO ====================="
. Você deve então ver as informações registradas durante a inicialização (procure em /var/log/messages
, por exemplo).