Eu tive o mesmo problema quando conectei o jack do fone de ouvido (no Ubuntu 11.10). Eu encontrei o comando pacmd
que mostra o console
$ pacmd
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Eu corro isto
>>> list-sinks
e retorna que o segundo coletor (eu tenho hdmi e stero analógico) foi mudo
muted: yes
então eu ligo (a ajuda mostrará todos os comandos).
>>> set-sink-mute 1 false
e ativou o som (antes disso eu reiniciei o puleaudio - $ sudo /etc/init.d/pulseaudio
mas acho que não era necessário).