Depois de muita investigação, percebi que o problema era que sempre saía de mail usando exit ou x . Na página de manual do Ubuntu :
exit (ex or x) Effects an immediate return to the shell without modifying
the user's system mailbox, his mbox file, or his edit
file in -f.
Portanto, se você estiver tentando excluir seus e-mails e usar d * ou d 1-5 , etc, será necessário deixar mail usando quit ou q .
Espero que isso poupe outra pessoa da minha confusão.