Depende. Se os servidores forem idênticos (mesma distro e mesma versão dessa distro), você poderá copiar arquivos. Se os servidores não forem idênticos, depende (é provável que a cópia entre distros falhe, entre versões da mesma distro pode ou não funcionar).
A maneira mais fácil de fazer isso é copiar todo o repositório (depois de executar configure && make ) e depois executar make install no sistema de destino, exatamente como você sugeriu.
Geralmente o mono é instalado em / usr / local por padrão (depende um pouco do sistema), e se você não tiver mais nada lá, você também deve copiar o diretório para o sistema de destino (se você tem algo lá, você pode criar uma lista de arquivos antes e depois de executar make install tem uma lista de arquivos que você precisa copiar).