OK, tentei.
Primeiros dois problemas desde o começo: NÃO suporte para links físicos e simbólicos. Isso significa que eu tive que copiar cada arquivo, duplicando e perdendo espaço.
Segundo problema: nenhum suporte especial a arquivos. Isso significa que coisas como /dev/console
estão indisponíveis no momento da inicialização para init antes que o / dev seja remontado como tmpfs.
Terceiro problema: você perderá as permissões.
Mas fora disso, não houve problemas. Meu próprio sistema foi inicializado com sucesso em um volume vfat.
Normalmente eu também não faria isso.