Que tal usar uma função para fazer o que você precisa:
user_input () {
read var
echo $var
}
if [ "$(user_input)" = 'y' ]; then echo "Yes"; fi
No topo, defino uma função chamada user_input, que lerá o valor e depois fará o eco. Em seguida, a instrução if é capaz de obter esse valor e verificar se é 'y'. Eu coloquei o $(user_input)
entre aspas, caso o usuário coloque espaços, para que o script não seja apenas um erro.