Todos os arquivos remotos devem ser um argumento para o rsync. Então, basta colocar todos os arquivos remotos em colchetes individuais:
rsync -Pav -e 'ssh -i sshkey' 'user@remotemachine:/home/user/file1.zip file2.zip file3.zip' .
BTW, você também pode fazer isso com um Asterisk (o Asterisk será resolvido pelo shell remoto):
rsync -Pav -e 'ssh -i sshkey' 'user@remotemachine:/home/user/*.zip' .