O que você chama de partições "padrão" são partições IBM PC. O ponto de usá-los é ser compatível com outros sistemas operacionais que gostam ou até mesmo exigem partições de PC da IBM.
Dentro de um volume RAID de software Linux ou dentro de um volume criptografado LUKS, somente o Linux se importa. Portanto, você pode também usar o sistema de particionamento nativo do Linux, ou seja, o LVM, que é muito mais poderoso (nomes em vez de números, partições não consecutivas, espelhamento, instantâneos, grupos de volumes,…).
Como raramente há qualquer ponto de ter partições no estilo PC dentro dos volumes LUKS, os scripts de distribuição geralmente não são configurados para lidar com esse caso.