Você pode apenas passar por sort
:
$ md5deep -rl * | sort -k2
d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e 2014-12-01/IMG_1969.png
bd12c358db0c97230b9d48f67b2c0c98 2014-12-01/IMG_1970.png
c3a9d8cb047192a03b857023948a7ba6 2014-12-01/IMG_1971.png
Se o seu nome de arquivo puder conter novas linhas ou outra estranheza, use isso (assume GNU sort
):
$ md5deep -0rl * | sort -zk2 | tr '$ md5deep -rl * | sort -k2
d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e 2014-12-01/IMG_1969.png
bd12c358db0c97230b9d48f67b2c0c98 2014-12-01/IMG_1970.png
c3a9d8cb047192a03b857023948a7ba6 2014-12-01/IMG_1971.png
' '\n'
d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e 2014-12-01/IMG_1969.png
bd12c358db0c97230b9d48f67b2c0c98 2014-12-01/IMG_1970.png
c3a9d8cb047192a03b857023948a7ba6 2014-12-01/IMG_1971.png