Você pode, mas é complicado e você perde o arrastar e soltar entre os monitores.
A configuração seria algo como configurar 3 sessões X diferentes, uma em cada monitor.
Desativando o protetor de tela com base na configuração do sistema.
Adicionando um daemon de proteção de tela para cada sessão x com o arquivo de configurações desejado no xinitrc ajustado para cada xsession. Aqui estão algumas informações sobre xinitrc personalizado .