Para fazer o Ubuntu 2D funcionar, você deve tentar rodar o nvidia-settings para configurar o servidor X com mais precisão. Em "X Server Display Configuration", defina a resolução desejada em vez de deixá-la em automático. Em seguida, clique em "Salvar no arquivo de configuração X" (deve ser /etc/X11/xorg.conf) e reinicie. Em seguida, tente fazer login no Ubuntu 2D.
Outra possível explicação é que você está sentindo a penalidade de desempenho ao sair de uma partição instalada no Wubi. Veja Quais diferenças de desempenho existem ao instalar com o Wubi? por exemplo. Para obter um melhor desempenho, instale o ubuntu diretamente em uma nova partição.