Provavelmente causado por sua localidade, mas se você fizer isso:
LC_COLLATE=C ls -F --color=auto -l
Os arquivos de ponto são classificados corretamente
No momento, estou usando o seguinte ls alias: alias ls='ls -alhGkpsq --color=auto' . Isso resulta na seguinte listagem de diretório.
[03:35] bryson@brys ~ :$ ls
total 48K
4.0K drwx------ 4 bryson 4.0K Nov 2 03:34 ./
8.0K drwxr-xr-x 3 root 4.0K Apr 19 2012 ../
4.0K -rw------- 1 bryson 676 Nov 2 03:35 .bash_history
8.0K -rw-r--r-- 1 bryson 21 Nov 23 2011 .bash_logout
8.0K -rw-r--r-- 1 bryson 57 Nov 23 2011 .bash_profile
4.0K -rw------- 1 bryson 50 Nov 2 03:34 .lesshst
4.0K drwxr-xr-x 3 bryson 4.0K Nov 2 03:21 source/
4.0K drwx------ 2 bryson 4.0K Nov 2 03:23 .ssh/
4.0K -rw------- 1 bryson 1.6K Nov 2 03:23 .viminfo
O problema que tenho com isso, que não é um problema com a versão do ls do OS X, é que .ssh/ está em ordem alfabética ignorando o . no nome do arquivo.
O que eu gostaria é que ls coloque em ordem alfabética todos os arquivos de pontos no topo, que é onde coloca . e .. também. (Arch Linux, Bash)