Você tem várias alternativas para resolver seu problema:
- use um VCS e verifique se as permissões e as informações de propriedade dos arquivos também são rastreadas
- use uma instância do KVM para seu segundo ambiente, ou seja, você poderá instalar uma segunda instância do Linux, caso haja espaço suficiente no disco rígido
- configura uma configuração de inicialização dupla, de modo que você instale um sistema linux para o primeiro ambiente na partição X e um sistema linux para o segundo na partição Y
O que você escolhe é uma questão de gosto e depende dos detalhes de seus ambientes. Talvez sua CPU não suporte a virtualização, o espaço esteja em questão ou você não queira reinicializar a máquina ao mudar para outro ambiente.