Parece não haver absolutamente nenhuma maneira de desativar o fallback de fonte. Se você tiver o fontconfig instalado, o mecanismo de substituição de fontes estará sempre ativo.
Eu descobri duas maneiras estreitas de limitar o fallback. Primeiro, para bloquear o fallback em aplicativos que usam o Pango, você pode usar o Atributo de fallback do Pango para compilar uma versão especial que não usa fontes de fallback. (Edit: Alguém me sugeriu que também pode ser possível fazer isso, modificando o GtkTextLayout e GtkTextView dentro de um aplicativo.)
Em segundo lugar, você pode restringir o caminho de pesquisa do fontconfig a um diretório com apenas as fontes desejadas.