Você pode obter o Editor de Tipos de Arquivo nas versões atualmente suportadas do Ubuntu instalando o pacote chamado "assogiate". (Você pode usar o Ubuntu Software Center para isso.)
Como alternativa, você pode clicar com o botão direito do mouse em um arquivo .url e usar Abrir com ... para selecionar o aplicativo desejado e marcar a caixa indicando que deseja que os arquivos .url sejam sempre abertos com esse aplicativo.