Se o seu laptop de 6 anos de idade, eu esperaria que seu disco rígido usasse setores de 512 bytes (ou seja, 1 setor físico = 1 setor virtual). Nesse caso, qualquer alinhamento é um bom alinhamento - o ponto principal do alinhamento é garantir que os clusters do sistema de arquivos estejam alinhados com os setores físicos - qualquer desalinhamento só é possível se o tamanho do setor físico for maior que 512 bytes.
Não tenho certeza de como qualquer desalinhamento pode causar erros de inicialização intermitentes que você está descrevendo - ele inicializa ou não é:)