Usar conffiles não é o caminho a percorrer, principalmente porque, quando seu pacote for atualizado, o usuário será solicitado a manter seu antigo arquivo "config" ou aceitar sua nova versão empacotada.
A alternativa que vem à mente é simplesmente limpar esses arquivos em um O script postrm , que permitirá que o seu pacote seja completamente e limpo, mas não marcará o arquivo como pertencente ao seu pacote. Provavelmente você poderia usar um script preinst para instalar inicialmente o arquivo para que o pacote saiba que ele é o proprietário e configurar preinst e postrm para atuar apenas na instalação inicial e na remoção final (e não nas etapas de remoção / instalação durante uma atualização).