O Fedora também recomenda o uso de liveusb-creator . Não tenho certeza se você pode instalar com o livecd-iso-to-disk para a segunda partição de um pendrive, e o 2GiB definitivamente não é suficiente para uma imagem de DVD de 4GiB.
Você está usando o BIOS ou o UEFI? A UEFI ainda está em fluxo, eu não contaria com isso trabalhando em todos os lugares.