Tente isto:
$ awk -v SUBSEP=" " '
{a[$1,$2]++;b[$1,$2] = (b[$1,$2] && $3 > b[$1,$2]) ? b[$1,$2] : $3}
END {
for (i in a) {
print i,a[i],b[i];
}
}
' file
A B 2 1990
A C 2 2001
A D 2 2001
B C 1 2013
Ainda mais curto, se você puder alterar a ordem do campo:
$ sort -n -k1 -k2 -k3 file | uniq -c -w 3
2 A B 1990
2 A C 2001
2 A D 2001
1 B C 2013