Você pode escrever um wrapper facilmente e continuar usando suas funções antigas. Exemplo:
<?php
class MyDB extends SQLite3
{
function __construct($filename)
{
$this->open($filename);
}
}
if (!is_defined('sqlite3_open')) {
function sqlite3_open($filename, $mode = 0666, &$error_message)
{
$db = new MyDB($filename);
}
}