O QIIME saiu com uma nova imagem de caixa virtual (versão 1.5), que funciona.
Se ninguém encontrar a resposta para o problema acima, encerrarei a questão em uma semana.
Estou executando o VirtualBox (usando o link link do )
O hardware físico é uma máquina de 32 núcleos. A máquina virtual no VirtualBox recebeu 16 núcleos.
Ao iniciar, recebo:
Ubuntu 10.04.1 LTS
Linux 2.6.38-15-server
# grep . /sys/devices/system/cpu/*
/sys/devices/system/cpu/kernel_max:255
/sys/devices/system/cpu/offline:1-15
/sys/devices/system/cpu/online:0
/sys/devices/system/cpu/possible:0-15
/sys/devices/system/cpu/present:0
/sys/devices/system/cpu/sched_mc_power_savings:0
# ls /sys/kernel/debug/tracing/per_cpu/
cpu0 cpu1 cpu10 cpu11 cpu12 cpu13 cpu14 cpu15 cpu2 cpu3 cpu4 cpu5 cpu6 cpu7 cpu8 cpu9
# ls /sys/devices/system/cpu/
cpu0 cpufreq cpuidle kernel_max offline online possible present probe release sched_mc_power_savings
# echo 1 > /sys/devices/system/cpu/cpu6/online
-su: /sys/devices/system/cpu/cpu6/online: No such file or directory
Por isso, parece que detecta os recursos para 16 CPUs, mas apenas define um online.
Eu testei com outra imagem que o host VirtualBox pode executar um convidado com 16 núcleos. Isso funciona. Portanto, o problema é solucionar a imagem do Qiime para descobrir por que essa imagem de convidado detecta apenas 1 CPU.
Parece que sua VM foi configurada para fornecer uma única CPU virtual.
A documentação a seguir pode ajudá-lo a reconfigurar sua VM para fornecer vários núcleos:
Isso pode ajudar, eu tive um problema semelhante com uma VM do Ubuntu. Isso me ajuda com minha pergunta original
Tags kernel virtualbox cpu smp hot-plug