Concordo com o Caleb que dividir a largura de banda provavelmente será o mais fácil, no entanto, como uma solução mais rotatória, talvez você queira dar uma olhada em Protocolo de Transporte Micro . O uTP foi projetado pelos caras do uTorrent para tentar mitigar os problemas de latência causados pelo BitTorrent, que eu presumo que seja a raiz do seu problema. Na minha experiência, funciona muito bem e há uma diferença notável na minha conexão ADSL, por exemplo.
No ecossistema de software livre, o uTP é suportado pelo KTorrent (4.0+) e Transmission (2.30+). O Vuze também o implementa, mas não no Linux. E, claro, o cliente oficial do uTorrent o suporta.