Você pode usar <
para redirecionar sua saída para stdin
.
Eu não sei como meld
funciona, mas sobre o seu exemplo de comparação, veja como isso funcionaria:
Usando tempfiles
$ cmd1 > file1.tmp
$ cmd2 > file2.tmp
$ diff file1.tmp file2.tmp
Sem tempfiles
$ diff <(cmd1) <(cmd2)
Observe que a sintaxe pode variar um pouco de acordo com o shell que você está usando (estou usando o ksh88).