No sed, todos os comandos podem ser prefixados por uma condição que indica para quais linhas aplicar o comando. Um tipo comum de condição é um padrão de pesquisa. O padrão de pesquisa /.\{250\}/
corresponde a linhas com mais de 250 caracteres. Para essas linhas, combine os primeiros 80 caracteres e os últimos 40 e substitua a linha inteira pelo prefixo __
e o sufixo.
sed -e '/.\{250\}/ s/^\(.\{80\}\).*\(.\{40\}\)$/__/'
Você pode até mesmo organizar o padrão do comando de substituição para corresponder apenas a linhas suficientemente longas.
sed -e 's/^\(.\{80\}\).\{130,\}\(.\{40\}\)$//'