Enquanto o driver xserver-xorg-input-wacom estiver instalado, você poderá usar xinput. No meu tablet Motion (LE-1600), para obter o clique direito, é:
xinput set-button-map "Serial Wacom Tablet" 1 3 2
Acabei de colocar isso como um comando de inicialização (usando 10.04 LTS) ao fazer o login.
Eu não sei muito sobre xinput, mas a página man tem um monte de informações
(use xinput list
para descobrir como seu dispositivo wacom é chamado)