Você definiu o nautilus para não desenhar na área de trabalho? Para descobrir isso, execute este comando:
gconftool-2 --get /apps/nautilus/preferences/show_desktop
Se retornar true, então é um bug. Eu sei que você entrou com este bug e eu sou o cara que comentou lá.
Se ele retornar false, então é um problema conhecido no Unity, para não desfazer o foco de janelas fechadas quando o Nautilus não estiver em execução (atualmente, ele depende do Nautilus para tirar o foco do aplicativo fechado).