Não tenho certeza se Tar consegue fazer isso. Deve ser possível, no entanto, descompactar ambos os backups (para diretórios diferentes), então use algo ao longo das linhas de
cd /mnt/oldbackup ;
find ./ -exec getfacl {} | setfacl /mnt/newbackup/{}
como a saída de getfacl
pode ser usada como stdin para setfacl
de acordo com a manpage.