Ok, isso é basicamente o mesmo que klapaucius 'answer .
(E não reparará nenhum dano se cp tiver sobrescrito alguns arquivos existentes.)
Supondo que você esteja no diretório de origem (em dir ). Este comando:
find . -type f echo '{}' ';'
listará todos os arquivos (recursivamente) presentes no diretório dir (semelhante a -print ). A opção -type f está lá para impedir a listagem de subdiretórios.
Então, se você usar:
find dir -type f -exec echo '../../../{}' ';'
Isso deve listar os arquivos correspondentes (cópias) no diretório de destino.
Agora, se a lista estiver correta, você poderá remover as cópias usando:
find dir -type f -exec rm -- '../../../{}' ';'
Como para a remoção de diretórios vazios remanescentes que vêm do cp … hum…