Para alterar esses ícones na linha de comando, você pode usar o seguinte comando:
gvfs-set-attribute -t string /path/to/your/file metadata::custom-icon file:///path/to/your/icon.png
Você pode usar este comando em um script bash de acordo com suas necessidades.
Se você executar o comando e o ícone não mudar imediatamente, você poderá instalar o pacote xautomation com:
sudo apt-get install xautomation
E, finalmente, use o comando "xte" para "sendkey" no bash como "F5" para atualizar ..
Um pequeno exemplo seria:
#!/bin/bash
gvfs-set-attribute -t string /home/hermes/testicon metadata::custom-icon file:///home/hermes/Desktop/applet_blank.png
sleep 3
xte "key F5"
Espero que isso seja útil para você.