Estou assumindo que você configurou o byobu para usar Ctrl - A como a sequência de escape do tmux.
Os comandos que você digita no seu terminal são tratados primeiramente pela sua instância local do tmux e, em seguida, manipulados pela sessão aninhada do tmux. Isso significa que você precisa escapar duas vezes para ir para a instância aninhada:
- Ctrl - a c # abre uma janela na sessão local
- Ctrl - a Ctrl - a c # abre uma janela na sua sessão remota
Se a segunda linha não funcionar, tente (como apontado por @artm )
- Ctrl - a a c # segundo a sem Ctrl