Parece que você tem versões diferentes do servidor mysql sendo oferecidas por repos diferentes. Eu não tenho certeza qual deles você estava usando, então eu não posso te dizer quais recompras são diable. Estou assumindo que você está rodando o CentOS, mas pode ser qualquer coisa com o yum.
Você também pode usar repoquery
(instalado com yum-utils
) para verificar quais arquivos seu pacote mysql-server instalou e onde os bancos de dados estavam localizados (ou descobrir o script de inicialização, se é assim que o seu pacote instala o MySQL) .
A próxima coisa, antes de fazer qualquer outra coisa, é fazer o backup dos próprios arquivos de banco de dados. Se você quiser ter esperança de recuperar os dados, precisará deles.
Uma vez que você descobriu qual versão exata do MySQL você estava rodando, instalando uma nova caixa (o EC2 da Amazon é seu amigo) com essa versão exata e copiando os arquivos de dados sobre os recém-instalados may (grande se estiver aqui, e não faça isso com o MySQL), você pode executar mysqldump
em seu banco de dados.
Quanto a sua pergunta original, eu não acho que um pacote sane mysql-server
destruiria seus bancos de dados instalados, mas eu não apostarei seus dados nisso.
Boa sorte.