Você pode verificar as propriedades do arquivo no Nautilus e ver se elas ainda têm as tags. Se não, você pode editá-las manualmente no Banshee e ver se elas mantêm as tags (só para ter certeza de que não foi uma falha de uma vez).
Se eles não mantiverem as tags, você poderá usar um editor de tags como Puddletag para adicionar as tags manualmente.