MBR: trecho da Wikipédia; link
A master boot record (MBR) is a special type of boot sector at the very beginning of partitioned computer mass storage devices like fixed disks or removable drives intended for use with IBM PC-compatible systems and beyond. The concept of MBRs was publicly introduced in 1983 with PC DOS 2.0.
Eu intencionalmente colei isso para você ver que o MBR vem desde 1983.
GPT: trecho da Wikipédia; link
GUID Partition Table (GPT) is a standard for the layout of the partition table on a physical storage device used in a desktop or server PC, such as a hard disk drive or solid-state drive, using globally unique identifiers (GUID). Although it forms a part of the Unified Extensible Firmware Interface (UEFI) standard (Unified EFI Forum proposed replacement for the PC BIOS), it is also used on some BIOS systems because of the limitations of master boot record (MBR) partition tables, which use 32 bits for storing logical block addresses (LBA) and size information on a traditionally 512 byte disk sector.
Para responder à sua pergunta, eu aconselho você a usar o particionamento GPT, sempre que possível; Em outras palavras, se você não precisar usar o MBR, use o GPT:
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tem uma tabela de partições de backup
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não tem limite ridículo para partições primárias, bye bye partições estendidas
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também armazena valores de verificação de redundância cíclica (CRC) para verificar se os dados estão intactos
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como você mencionou, ele suporta discos grandes
As ferramentas usuais com links para o wiki ou acompanhamento manual.
MBR em um CLI:
GPT em uma CLI:
Para MBR e GPT em uma CLI:
Para MBR e GPT em uma GUI: