O gerenciador de inicialização do Windows não suporta o carregamento do Linux, ele carrega apenas as janelas. O Grub (2) é na verdade um gerenciador de boot que permite escolher entre inicializar o linux ou o windows.
A maioria das dificuldades ocorre ao instalar o linux primeiro e depois o windows (o instalador do win está sobrescrevendo o bootsector que contém o gerenciador de inicialização do grub com seu próprio gerenciador de inicialização do windows) ou depois de uma inicialização do windows windows (dvd / usb stick) (que também anula o grub no setor de inicialização).
Uma abordagem automatizada é usar o bootrepair, já que você não nos contou sua distribuição linux Estou assumindo que você está usando o Ubuntu - aqui está o link para o howto de reparação de boot do ubuntu .
A abordagem manual é inicializar a partir da mídia ao vivo da sua distribuição linux (dvd / usb-stick) chroot sua partição linux e instalar manualmente e / ou atualizar o grub.
Supondo que você queira instalar seu gerenciador de inicialização em /dev/sda
e sua partição linux é /dev/sda1
(substitua por seus devids)
mount /dev/sda1 /mnt/
cd /mnt
mount -t proc proc /mnt/proc
mount -t sysfs sys /mnt/sys
mount -o bind /dev /mnt/dev
mount -t devpts pts /mnt/dev/pts/
chroot /mnt
grub-install /dev/sda
grub-install --recheck /dev/sda
update-grub