O problema parece ser que você está usando um usuário não privilegiado para testar a configuração do Nginx. Quando o teste ocorre, ele tenta criar /run/nginx.pid, mas falha e isso faz com que o teste de configuração falhe. Tente executar o nginx como root.
$ sudo nginx -t
ou
$ su - -c "nginx -t"
Dessa forma, o processo pai do Nginx terá a mesma permissão que seria quando executado pelo systemctl.
Se isso resolver o erro no teste, mas não quando executado a partir do systemctl, você pode querer verificar esta página investigando erros do systemd .