Isso é principalmente um assunto histórico, por vários motivos:
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Ao longo dos anos, os Unices baseados em System V receberam muito BSD, e os BSDs adotaram, em menor escala, alguns recursos do System V.
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Muitas das diferenças simplesmente não importam mais, como XTI / TLI, tendo sido superadas no mercado de ideias por soquetes BSD.
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O mercado Unix está se consolidando. Há menos diferenças estranhas fora do padrão para lidar com esses dias, e melhores ferramentas para lidar com as que permanecem. Uma grande área de diferença está em como a ligação dinâmica funciona, por exemplo, mas nós temos GNU libtool para lidar com isso agora .
O melhor recurso único que conheço para aprender sobre esses tipos de diferenças é a Programação Avançada no Ambiente Unix de Stevens e Rago. Se você tem um interesse especial em redes e IPC, adicione a Programação de Rede Unix, volume 1 e volume 2 .
Se você já tem uma edição anterior do APUE, ainda é útil. A principal coisa que a segunda edição adicionou foi a cobertura explícita do Linux e do OS X, mas como elas são baseadas no Unix, você ainda pode decifrar como aplicar as informações. A terceira edição atualiza esse clássico novamente para versões recentes do SO e adiciona material novo.