Parece que o próprio disco rígido está com problemas. ("short read", etc.) Em caso afirmativo, dmesg | tail provavelmente mostrará alguns erros de E / S.
Outra maneira de verificar isso é executar badblocks -n na partição do problema. Ou melhor, no disco inteiro. O que quer que você teste, precisa ser desmontado. Isso levará horas em um disco grande e moderno. Se houver alguma coisa na (s) partição (ões) que você não pode viver sem, copie-a para uma mídia removível ou um volume de rede primeiro.
A sugestão para espelhar o disco também é boa. É uma espécie de versão "lite" do badblocks -n check, porque forçando o disco a ler em todos os setores, ele pode fazer com que o disco realoque os blocos de problemas, como badblocks -n . badblocks -n é mais eficaz porque os setores duvidosos podem ser pouco legíveis e só podem ser mostrados no disco como ruins o suficiente para serem movidos ao tentar escrever para eles. Ainda assim, se o disco tiver vida suficiente para sobreviver a um resgate, o passe de leitura extra não será suficiente para finalizá-lo.
Não tenho muita esperança de que executar fsck na imagem do disco recupere tudo. Você quase certamente perderá setores nesse processo, o que significa que alguns arquivos ficarão ilegíveis ou corrompidos além do uso. Um JPEG decodificará parcialmente com dados corrompidos, por exemplo, mas um JPEG com a parte inferior cortada pode não ser útil para você.
Is my data toasted?
Possivelmente, possivelmente não. O badblocks -n pass às vezes pode corrigir o problema. Em caso afirmativo, você ainda precisa substituir o HDD, pois um disco só pode entrar em um estado tão ruim por estar quase morto para começar.
Did I do the wrong thing already?
Além de esquecer o significado da palavra "rigorosa", não. :)