Eu fiquei intrigado e fiz uma pequena escavação. No começo eu pensei que fosse algum tipo de efeito colateral, por exemplo o nó recebe 2 links e, em seguida, o link original é excluído e o ctime é mais um acidente do que uma ação deliberada.
Caso não esteja claro para alguém, o arquivo é representado por um inode que tem nada relacionado ao nome. O inode "sabe" quantos nomes obteve graças ao contador de hardlink, mas não tem pistas sobre quais são esses nomes ou em quais diretórios eles residem.
Com isso, vamos dar uma olhada no POSIX ( link ):
Some implementations mark for update the st_ctime field of renamed files and some do not. Applications which make use of the st_ctime field may behave differently with respect to renamed files unless they are designed to allow for either behavior.
E exemplo de implementação ( link ):
/*
* We always want to hit the ctime on the source inode.
*
* This isn't strictly required by the standards since the source
* inode isn't really being changed, but old unix file systems did
* it and some incremental backup programs won't work without it.
*/
xfs_trans_ichgtime(tp, src_ip, XFS_ICHGTIME_CHG);
Então lá.