Esta tarefa é mais fácil com o GNU sed
:
$ sed -i 's/ali/ALI/' file.txt
porque tr
opera em conjuntos de caracteres em vez de strings .
Para evitar substituições indesejadas ao ecoar, tente especificar a posição exata da palavra a ser substituída e ou uma expressão regular que corresponda apenas à sequência em que você está interessado:
$ printf "cali\nali\nwali\nmali.\n" | grep -E '^ali' | tr ali ALI
ALI