Esses dois mecanismos usam codebases completamente diferentes. O uso do mount usará a implementação do kernel do SMB / CIFS e a montagem com o gvfs-mount usará a implementação do SMB / CIFS no libsmbclient (que faz parte do Samba).
O mais provável é que essa diferença que você está vendo tenha a ver com o fato de que o libsmbclient é melhor ajustado para o seu ambiente do que a implementação do kernel.